La institución educativa regida por la Compañía de Jesús en Oviedo pasó por diferentes modelos de gestion y ubicaciones, desde la creación en 1578 del primitivo Colegio San Matías como punto de partida (de la mano de la benefactora Doña Magdalena de Ulloa, señora de Villagarcía). Con una importante presencia en Asturias anterior a la expulsión de la Compañía de Jesús de España (sucedida en el año 1767), a principios del s. XX nace la necesidad de fundar un colegio con ideario jesuita en la ciudad. Es por ello que el primer Colegio San Ignacio se funda en Oviedo en la Quinta Roel en el año 1922 (en el terreno que ocupaba una vivienda unifamiliar cuyo propietario era el médico D. Faustino García Roel), sede que permanecerá varios años hasta una nueva expulsión y disolución de la Compañía de Jesús en España durante la II República (1932).

Después de la Guerra Civil no se recupera esta propiedad, pero sí se mantiene el interés por parte de la población ovetense y los jesuitas por continuar con la labor educativa en la ciudad. Es entonces en 1948 cuando se fundan las "Escuelas de San Ignacio", y justo una década después, el hermano Merino funda en 1958 una escuela preparatoria en la calle Doctor Casal nº5, lo que se convierte en el inicio del futuro colegio. Al año siguiente D. Enrique Fanjul, un joven retornado de Venezuela, junto con otros profesores tendrán el empeño de promover un nuevo centro educativo en Oviedo, contando con la ayuda del Padre Ferrero. No es hasta 1960 que se establecerá con una sede definitiva y estable, ubicada en la Academia Ojanguren de la calle Cervantes de Oviedo. Es de destacar, por lo temprano de la situación, la participación docente compartida tanto por padres jesuitas como por profesores seglares no vinculados internamente a la Compañía de Jesús.

La alta demanda educativa en esta sede, que poco a poco se quedaba pequeña, provoca la necesidad del cambio de instalaciones desde el centro de Oviedo a su ubicación actual en la Carretera de Fuentesila, cerca de Latores, en un entorno natural a las afueras de Oviedo, inaugurándose finalmente en el año 1973 con la mayoría de sus instalaciones terminadas, y con otras en ejecución.

El proyecto de construcción de esta nueva sede se encarga al arquitecto D. Ignacio Álvarez Castelao, natural de Cangas del Narcea, y a quien se le incluye en la denominada “generación de 1939”. Esta generación estaba formada por un grupo de arquitectos asturianos de la primera mitad del siglo XX, a los que caracterizaba su estilo modernista y vanguardista. 

En 1973 se inaugura el actual edificio del Colegio San Ignacio, con sus 4 pabellones principales característicos. Un año después se convierte en el primer colegio de Jesuitas en España en introducir la coeducación (alumnado masculino y femenino en la misma clase) desde los 4 años, con la apertura del primer aula de Educación Infantil. Se inaugura entonces el pabellón del Polideportivo, que se completará en 1980 con la instalación de las pistas deportivas circundantes. Ya en 1986 se firma el primer concierto para todas las unidades de EGB.

El rectorado del jesuita Fernando de la Puente marca el inicio de un proceso de transformación educativa e innovación, liderado por un equipo de jóvenes y competentes profesores, teniendo la coeducación, las aulas especializadas, la innovadora programación docente, y el deporte como pilares básicos en su doctrina educativa.

Fueron tremendamente innovadores, marcando la tradición que actualmente diferencia al Colegio San Ignacio de otros centros de la ciudad. Desde entonces, y celebrando en 2023 su bien logrado 50 aniversario en su ubicación actual, nuestro centro educativo ha venido formando al alumnado asturiano para hacer de ellos "hombres y mujeres para los demás", con vocación de servicio hacia la sociedad actual.